MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Chlamydia trachomatis L2b/Ams4 plasmid pAms4

Total Repeats: 150

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020981	GTT	2	6	194	199	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478468452
2	NC_020981	A	6	6	257	262	100 %	0 %	0 %	0 %	478468452
3	NC_020981	AT	3	6	476	481	50 %	50 %	0 %	0 %	478468452
4	NC_020981	T	6	6	522	527	0 %	100 %	0 %	0 %	478468452
5	NC_020981	T	8	8	580	587	0 %	100 %	0 %	0 %	478468452
6	NC_020981	ATTG	2	8	632	639	25 %	50 %	25 %	0 %	478468452
7	NC_020981	T	6	6	693	698	0 %	100 %	0 %	0 %	478468452
8	NC_020981	A	7	7	726	732	100 %	0 %	0 %	0 %	478468452
9	NC_020981	GGA	2	6	782	787	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478468452
10	NC_020981	AAC	2	6	851	856	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478468452
11	NC_020981	GT	4	8	1018	1025	0 %	50 %	50 %	0 %	478468452
12	NC_020981	TCT	2	6	1147	1152	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478468453
13	NC_020981	TCT	2	6	1164	1169	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478468453
14	NC_020981	ATC	2	6	1194	1199	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478468453
15	NC_020981	GA	3	6	1333	1338	50 %	0 %	50 %	0 %	478468453
16	NC_020981	CCA	2	6	1363	1368	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	478468453
17	NC_020981	TAA	2	6	1456	1461	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478468453
18	NC_020981	TCTG	2	8	1470	1477	0 %	50 %	25 %	25 %	478468453
19	NC_020981	GAAA	2	8	1496	1503	75 %	0 %	25 %	0 %	478468453
20	NC_020981	TTG	2	6	1511	1516	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478468453
21	NC_020981	CCT	2	6	1566	1571	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478468453
22	NC_020981	T	8	8	1612	1619	0 %	100 %	0 %	0 %	478468453
23	NC_020981	AGGA	2	8	1629	1636	50 %	0 %	50 %	0 %	478468453
24	NC_020981	A	6	6	1688	1693	100 %	0 %	0 %	0 %	478468453
25	NC_020981	TGC	2	6	1784	1789	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478468453
26	NC_020981	AAG	2	6	1816	1821	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478468453
27	NC_020981	T	6	6	1838	1843	0 %	100 %	0 %	0 %	478468453
28	NC_020981	A	6	6	1932	1937	100 %	0 %	0 %	0 %	478468453
29	NC_020981	TGTT	2	8	1962	1969	0 %	75 %	25 %	0 %	478468453
30	NC_020981	ATA	2	6	1989	1994	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478468453
31	NC_020981	TGC	2	6	2097	2102	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478468453
32	NC_020981	GTT	2	6	2274	2279	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478468454
33	NC_020981	TCA	2	6	2355	2360	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478468454
34	NC_020981	GCG	2	6	2442	2447	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	478468454
35	NC_020981	ATG	2	6	2492	2497	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478468454
36	NC_020981	GAT	2	6	2545	2550	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478468454
37	NC_020981	GT	3	6	2557	2562	0 %	50 %	50 %	0 %	478468454
38	NC_020981	GAA	2	6	2569	2574	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478468454
39	NC_020981	AT	3	6	2732	2737	50 %	50 %	0 %	0 %	478468454
40	NC_020981	A	8	8	2772	2779	100 %	0 %	0 %	0 %	478468454
41	NC_020981	TTCT	2	8	2808	2815	0 %	75 %	0 %	25 %	478468454
42	NC_020981	TGA	2	6	2847	2852	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478468454
43	NC_020981	AGC	2	6	2892	2897	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478468454
44	NC_020981	TTG	2	6	3008	3013	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478468454
45	NC_020981	ATT	2	6	3019	3024	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478468454
46	NC_020981	TC	3	6	3069	3074	0 %	50 %	0 %	50 %	478468454
47	NC_020981	AGA	2	6	3078	3083	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478468454
48	NC_020981	ATT	2	6	3084	3089	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478468454
49	NC_020981	AGA	2	6	3096	3101	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478468454
50	NC_020981	TTAAT	2	10	3161	3170	40 %	60 %	0 %	0 %	478468454
51	NC_020981	AGA	2	6	3198	3203	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478468454
52	NC_020981	AT	3	6	3284	3289	50 %	50 %	0 %	0 %	478468454
53	NC_020981	GTTT	2	8	3334	3341	0 %	75 %	25 %	0 %	478468454
54	NC_020981	AGGA	2	8	3454	3461	50 %	0 %	50 %	0 %	478468454
55	NC_020981	TCT	2	6	3466	3471	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478468454
56	NC_020981	A	6	6	3565	3570	100 %	0 %	0 %	0 %	478468454
57	NC_020981	TCA	2	6	3598	3603	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478468455
58	NC_020981	GAA	2	6	3637	3642	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478468455
59	NC_020981	TTTC	2	8	3714	3721	0 %	75 %	0 %	25 %	478468455
60	NC_020981	AGC	2	6	3740	3745	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478468455
61	NC_020981	GTT	2	6	3795	3800	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478468455
62	NC_020981	GGAT	2	8	3834	3841	25 %	25 %	50 %	0 %	478468455
63	NC_020981	AAG	2	6	3934	3939	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478468455
64	NC_020981	TAG	2	6	4030	4035	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478468455
65	NC_020981	GAA	2	6	4098	4103	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478468455
66	NC_020981	ATATAG	2	12	4105	4116	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478468455
67	NC_020981	CAG	2	6	4303	4308	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478468455
68	NC_020981	ACGTTA	2	12	4369	4380	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478468455
69	NC_020981	AT	3	6	4391	4396	50 %	50 %	0 %	0 %	478468455
70	NC_020981	A	7	7	4434	4440	100 %	0 %	0 %	0 %	478468455
71	NC_020981	TTGG	2	8	4483	4490	0 %	50 %	50 %	0 %	478468455
72	NC_020981	AGA	2	6	4497	4502	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478468455
73	NC_020981	TTC	2	6	4523	4528	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478468455
74	NC_020981	CT	3	6	4533	4538	0 %	50 %	0 %	50 %	478468455
75	NC_020981	A	6	6	4539	4544	100 %	0 %	0 %	0 %	478468455
76	NC_020981	TAAA	2	8	4558	4565	75 %	25 %	0 %	0 %	478468455
77	NC_020981	GAA	2	6	4575	4580	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478468455
78	NC_020981	ATTA	2	8	4629	4636	50 %	50 %	0 %	0 %	478468455
79	NC_020981	ATA	2	6	4751	4756	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478468456
80	NC_020981	AAT	2	6	4797	4802	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478468456
81	NC_020981	ACA	2	6	4810	4815	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478468456
82	NC_020981	AAT	2	6	4873	4878	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478468456
83	NC_020981	TGG	2	6	4965	4970	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478468456
84	NC_020981	TTG	2	6	4985	4990	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478468456
85	NC_020981	TTG	2	6	5044	5049	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478468456
86	NC_020981	AAC	2	6	5059	5064	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478468456
87	NC_020981	TAA	2	6	5076	5081	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478468456
88	NC_020981	AGG	2	6	5130	5135	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478468456
89	NC_020981	CAG	2	6	5195	5200	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478468456
90	NC_020981	ATT	2	6	5203	5208	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478468456
91	NC_020981	GGC	2	6	5224	5229	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	478468456
92	NC_020981	GTT	2	6	5230	5235	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478468456
93	NC_020981	TCA	2	6	5290	5295	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478468456
94	NC_020981	ATT	2	6	5329	5334	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478468456
95	NC_020981	T	6	6	5460	5465	0 %	100 %	0 %	0 %	478468456
96	NC_020981	CAAA	2	8	5479	5486	75 %	0 %	0 %	25 %	478468456
97	NC_020981	TTA	2	6	5594	5599	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478468457
98	NC_020981	A	6	6	5617	5622	100 %	0 %	0 %	0 %	478468457
99	NC_020981	CAA	2	6	5734	5739	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478468457
100	NC_020981	ATT	2	6	5757	5762	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478468457
101	NC_020981	A	6	6	5811	5816	100 %	0 %	0 %	0 %	478468457
102	NC_020981	T	6	6	5912	5917	0 %	100 %	0 %	0 %	478468458
103	NC_020981	GGA	2	6	5929	5934	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478468458
104	NC_020981	ACA	2	6	5944	5949	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478468458
105	NC_020981	A	6	6	5992	5997	100 %	0 %	0 %	0 %	478468458
106	NC_020981	TCT	2	6	6034	6039	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478468458
107	NC_020981	ATCA	2	8	6111	6118	50 %	25 %	0 %	25 %	478468458
108	NC_020981	A	7	7	6129	6135	100 %	0 %	0 %	0 %	478468458
109	NC_020981	CAT	2	6	6158	6163	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478468458
110	NC_020981	AAC	2	6	6211	6216	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478468458
111	NC_020981	ATA	2	6	6265	6270	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478468458
112	NC_020981	CCTAG	2	10	6280	6289	20 %	20 %	20 %	40 %	478468458
113	NC_020981	AAG	2	6	6302	6307	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478468458
114	NC_020981	TTG	2	6	6311	6316	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478468458
115	NC_020981	AATT	2	8	6326	6333	50 %	50 %	0 %	0 %	478468458
116	NC_020981	TTCTA	2	10	6357	6366	20 %	60 %	0 %	20 %	478468458
117	NC_020981	TCGG	2	8	6397	6404	0 %	25 %	50 %	25 %	478468458
118	NC_020981	GAA	3	9	6412	6420	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478468458
119	NC_020981	GAT	2	6	6451	6456	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478468458
120	NC_020981	TA	3	6	6478	6483	50 %	50 %	0 %	0 %	478468458
121	NC_020981	T	6	6	6515	6520	0 %	100 %	0 %	0 %	478468458
122	NC_020981	CAA	2	6	6521	6526	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478468458
123	NC_020981	TCG	2	6	6531	6536	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478468458
124	NC_020981	TC	3	6	6544	6549	0 %	50 %	0 %	50 %	478468458
125	NC_020981	TCT	2	6	6558	6563	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478468458
126	NC_020981	AGA	2	6	6567	6572	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478468458
127	NC_020981	AGA	2	6	6609	6614	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478468458
128	NC_020981	A	7	7	6701	6707	100 %	0 %	0 %	0 %	478468459
129	NC_020981	T	6	6	6720	6725	0 %	100 %	0 %	0 %	478468459
130	NC_020981	A	8	8	6726	6733	100 %	0 %	0 %	0 %	478468459
131	NC_020981	CTT	2	6	6745	6750	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478468459
132	NC_020981	AAG	2	6	6759	6764	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478468459
133	NC_020981	CTTC	2	8	6768	6775	0 %	50 %	0 %	50 %	478468459
134	NC_020981	ATT	2	6	6830	6835	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478468459
135	NC_020981	GAA	2	6	6864	6869	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478468459
136	NC_020981	AAG	2	6	6877	6882	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478468459
137	NC_020981	CTT	2	6	6942	6947	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478468459
138	NC_020981	A	6	6	6955	6960	100 %	0 %	0 %	0 %	478468459
139	NC_020981	CAA	2	6	7003	7008	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478468459
140	NC_020981	AGTT	2	8	7027	7034	25 %	50 %	25 %	0 %	478468459
141	NC_020981	TCT	2	6	7047	7052	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478468459
142	NC_020981	CCAA	2	8	7096	7103	50 %	0 %	0 %	50 %	478468459
143	NC_020981	AT	3	6	7145	7150	50 %	50 %	0 %	0 %	478468459
144	NC_020981	CTTC	2	8	7251	7258	0 %	50 %	0 %	50 %	478468459
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150	NC_020981	ACA	2	6	7397	7402	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478468459

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.